Struktura jest zawarta w pliku JPK_FA. Pierwsze zapoznanie się ze strukturą tego pliku wygląda bardzo niewinnie. Duża część danych zawartej w tej strukturze powtarza się względem struktury dla rejestrów VAT. Jednak bardziej uważne wczytanie się w zakres informacyjny tego pliku zapiera dech w piersiach. Takie informacje jak opis pojedynczego towaru, jego cena jednostkowa, ilość, przyczyna korekty (dla faktur korygujących) i okres, którego ona dotyczy. O ile w przypadku faktur sprzedażowych problem nie jest aż tak duży, bo w systemie fakturowania takie informacje są dostępne, o tyle w przypadku faktur zakupu sprawa już nie jest taka prosta..
Który system księgowy jest gotowy na przyjmowanie tak szczegółowych informacji o treści faktur zakupowych? Jak rozwiązać ten problem, aby można wypełnić strukturę pliku JPK_FA kompletną i prawidłową informacją? Na dodatek Ministerstwo Finansów nie wydaje żadnych rozporządzeń, które by ułatwiły zaplanowanie podejścia do problemu. Ogranicza się jedynie do krótkich odpowiedzi na zadawane pytania przez podmioty zainteresowane tym problemem. Najtrudniej mają firmy, które obowiązek raportowania zgodnie ze strukturą JPK mają już od 01.07.2016 r. Pozostałe podmioty mają jeszcze trochę czasu. Rozwiązania nie dokładające pracy komórkom księgowym są jednak możliwe. Nie muszą być też wyjątkowo kosztowne, ale z pewnością wymagają trochę czasu i wdrożenia odpowiednich rozwiązań systemowych.